子の権現天龍寺は延喜１１年（911）に、子の権現がこの地に十一面観音像を祀って天龍寺を創建したのが始まりである。その後、子の聖を大権現と崇める恵聖上人が長和元年（1012）に子の聖の尊像を本尊として子ノ聖大権現社を創建し、天龍寺を子ノ聖大権現社の管理運営をする別当寺とした。

子の聖は紀州和歌山の天野郷、阿字長者を母とする。阿字長者が六十歳となったある晩、夢の中に天竺の高貴な僧が現れた。そして「我、救世の願あり、願わくは汝が胎を借らん。」と告げて僧は阿字長者の口の中に入った。驚いて目覚めた阿字長者はやがて懐妊し、天長９壬子年（832）の子の月、子の日、子の刻に子ノ聖を生んだ。天竺の僧の生まれ変わりという事から幼名を救世若丸といい、７歳で出家して仏門に帰依すると子の聖または天野の聖と呼ばれて人々に敬われたという。

その後、羽黒山の開創・能除太子の徳を慕って諸国をまわり、出羽湯殿山で修行に励んだ。そして一宗開山を志した子の聖はある日、月山に登って「南無三世仏母般若妙典、我、永く跡を垂る地を示したまえ。」と空高く般若教を投げた。その般若教は空を飛んで武州・子の山（経ヶ峰）に至り、光を放って子の聖を導いたという。やがて光を目指して下天寺（降魔橋付近）に辿り着いた子の聖に、この山に住む悪鬼が火を放って子の聖の登山の邪魔をする。窮地に追い込まれた子の聖は、腰まで火炎に包まれながら一心に経文を唱えた。「念彼観音力 火坑変成池」

すると一天にわかにかき曇り、龍が姿を現して激しく雨を降らせた。山火事は瞬く間に消し去られ、悪鬼共も姿を消すと龍は十一面観音のお姿となって雲の洞の中に消えてしまった。子の聖のもとには一枚の龍の鱗が残されていた（寺宝・龍鱗石）。腰から下に火傷を負った子の聖は、延喜１１年６月１３日に子の山山頂に至り、十一面観音を祀って寺を建立した。子の聖を助けた龍にちなんで、これを寺号とした天龍寺である。山号を大鱗山、院号を雲洞院と号す。

その後、子の聖は永く子の山で修行教化を重ねていたが、長和元年３月１０日、「我、登山の折り、魔火の為に傷を負って悩める事あり、よって腰より下の病のある者、我を念ずれば必ずや霊験を授けん。」という誓願を残して示寂する。弟子の恵聖上人は子の聖の誓願を広く世に広める為、子の聖を子の聖大権現と崇め、聖の尊像を祀って子の権現社を創建し、天龍寺をその別当寺としたのである。

天龍寺は第１世恵聖上人から第２９世真海の代まで羽黒山の末寺であったが、宝永２年（1705）、第３０世教海の代に天台宗・東叡山寛永寺の末寺となり、それ以降は寛永寺の任命によって住職が選出された。その後、各地に子の権現社が勧請されて各地に社が建てられたり、江戸市中で出開張が行われ、善男善女が参拝して賑わったという。

しかし安政５年（1858）には大火にみまわれ、本堂をはじめ二十有余の堂宇は悉く灰燼に帰した。さらに明治維新となると寺院による権現号の使用が禁じられ、子の聖薩と称すように命じられてしまう。だが世情が安定するとともに権現号に復し、明治１８年（1885）、第４１世照信の代に本堂を再建した。現在では本尊を子の聖大権現としているが、武蔵野観音霊場の第３２番観音にあたる旧本尊十一面観音は、本尊の守護仏として同じ本堂に祀られている。